El Puente del Gran Capitán fue construido a principios del siglo XVI con el objetivo de conectar la ciudad con el barrio de San Francisco. Constituyó una obra de gran importancia para la ciudad y se ha considerado la más representativa de Loja.
En sus comienzos, en el año 1490, el puente fue construido en madera debido a la necesidad de finalizar el proyecto con rapidez y por ser materiales de menor coste. Aunque este puente sufrió grandes dificultades para terminar su construcción que retrasaron la finalización del mismo.
Debido a las frecuentes crecidas del río y la debilidad de las construcción, los cimientos del puento se iban deteriorando con el tiempo, hasta el año 1784 que quedó en ruinas al caerse dos de los cuatro arcos que lo componían. Años más tardes, en 1791 se inició la reconstrucción del puente. Sin embargo, esta nueva construcción no mantuvo su forma original y da paso a la forma actual que tiene el Puente del Gran Capitán.
Actualmente no cabe duda de su fortaleza ya que tras siglos de su última reconstrucción se ha mantenido en pie, aguantando las numerosas riadas posteriores, el tránsito de carretas y carretones antiguamente, circulación de vehículos hoy día.